2013-2018年,医院共获科研项目480余项,其中牵头国家重点研发计划项目3项,国家自然科学基金项目约70项(重点项目1项),发表SCI论文近600篇。据中国信息研究所统计数据显示,近十年来医院SCI、MEDLINE收录论文、累计被引用篇数和被引用次数连续多年排名全国儿童医院第一位。医院创办的国内现有的国际性全英文儿科学专业期刊——World Journal of Pediatrics,影响因子高达1.228,连续多年保持洲际同类期刊第一,该期刊已取得国际和国内刊号,并获得了中国科技期刊国际影响力提升计划项目资助和“中国具有国际影响力学术期刊”称号。医院还创办了国内的小儿外科国际期刊——World Journal of Pediatric Surgery,并获批国内连续出版物号(CN号)。近五年来,医院获得宋庆龄儿科医学奖3项、中国首届妇幼健康科学技术二等奖2项、浙江省科技进步一等奖6项。