深圳市慢性病防治中心成立于1989年，由原深圳市皮肤病防治研究所和肺部疾病防治研究所合并而成。是市卫生计生委直属慢性病防治机构，也是全市公共卫生体系的重要组成部分，主要承担全市慢性传染性疾病和慢性非传染性疾病的预防与控制工作，下设皮肤性病防治科，结核病防治科，慢性病防治科，麻风病防治科和预防医学门诊等部门，具有多个深圳市医学重点专科。已发展成为集防治、诊疗、督导、科研、教学等为一体的慢性病防治机构。
深圳市慢性病防治中心是深圳市卫生和计划生育委员会直属专业公共卫生机构，是全市公共卫生体系的重要组成部分。前身是原宝安县慢性病防治站，1979年深圳市建市后改称为深圳市慢性病防治站，1984年由深圳市慢性病防治站分出深圳市皮肤病防治研究所、深圳市肺部疾病防治研究、深圳市东湖医院和深圳市康宁医院，1989年由原深圳市皮肤病防治研究所和肺部疾病防治研究所合并成为深圳市慢性病防治院，1996年增加了慢性非传染性疾病防治任务，2008年5月更名为深圳市慢性病防治中心。
主要承担全市慢性非传染性疾病（高血压、糖尿病、脑卒中、恶性肿瘤、伤害、口腔疾病等）和慢性传染性疾病（结核病、性病、麻风病等）的预防控制、诊疗与疾病管理等工作以及控烟行动工作，根据疾病特点和防治规划及现代医学模式要求实施预防-治疗-管理一体化的卫生保健服务，已发展为集预防控制-诊断治疗-随访管理和科研教学于一体的专业公共卫生机构。
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