上海市第九人民医院口腔医学、整复外科、骨科在国内享有盛誉。开展组织工程技术（如3D打印）的临床应用国内领跑。

口腔医学：下设14个亚专业，是国内很大的口腔医学中心之一。上海市临床口腔医学中心：口腔颌面外科（上海市重点建设学科）、口腔内科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔儿童预防科、口腔综合科、口腔颅颌面种植中心、口腔病理科。口腔种植、口腔修复、口腔粘膜病、儿童口腔保健各有特色，口腔颌面外科开展颌面部缺损的形态和功能重建、颌面部血管瘤和脉管畸形的治疗为出色。

整复外科：上海市整复外科临床医学中心（国内重点建设学科"整复外科"、教育部"211工程"重点建设学科、上海市教委重点建设学科、上海市医学美容质量控制中心）。擅长显微重建、颅面外科、瘢痕整复、耳鼻再造、淋巴水肿的治疗等。